Staphylococcus aureus có khả năng kháng lại tất cả các loại kháng sinh có sẵn trong điều trị lâm sàng. Khả năng kháng thuốc có thể được hình thành thông qua đột biến nhiễm sắc thể tự thân hoặc tiếp nhận các yếu tố quyết định kháng thuốc khác theo chiều ngang.